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莫亚在2004赛季的前3站巡回赛中均进入决赛(前5站有4次进入决赛)，并于金乃公开赛中(击败斯里查潘)夺冠。随后在悉尼公开赛决赛中(对阵休伊特)由于右脚踝扭伤而中途退出。
因伤缺席澳网比赛，但2月重返赛场，便在布宜诺斯艾利斯公开赛中闯入决赛(负于科里亚)。2周后，又在阿卡普尔科公开赛中(击败维达斯科)夺得冠军。
莫亚在4月前的战绩是18胜3负，随后便以戴维斯杯四分之一决赛对阵荷兰队的两场胜利以及闯入蒙特卡罗大师赛半决赛的佳绩开始了他的欧洲红土赛季。紧接着，又在罗马大师赛上以6场比赛仅失一盘的优异表现获得其职业生涯的第3个大师赛头衔(决赛击败纳尔班迪安)。
从罗马大师赛到美网，每项赛事都至少获得2场胜利，9个巡回赛的战绩为29胜8负。其中包括在汉堡大师赛、法网(负于科里亚)、辛辛那提大师赛(负于阿加西)以及雅典奥运会(负于最后的冠军马苏)上均打入四分之一决赛。
美网打入第三轮(5盘大战中负于罗切斯)，随后在北京公开赛首轮即遭淘汰，戴维斯杯半决赛对阵马休的失利是莫亚在休斯顿大师杯前的最后一场比赛。他因为右肩受伤而没有参加年末的欧洲室内系列赛。
与高迪奥并列夺得2004赛季红土场最高获胜记录——31场。同时，莫亚也是今年唯一一位在红土及硬地上分别赢得至少20场比赛的选手(硬地22胜8负)。3月获得了其个人职业生涯的第400场胜利。
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